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sábado, 23 de junio de 2018

Instalar Julia + Atom en Ubuntu 18.04

La promesa de Julia es que permite velocidade de lenguages de nivel bajo como Fortran o C++ usando un lenguaje de alto nivel. Vamos a ver.
Pre requisitos:

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install curl
sudo apt-get -y install cmake


Primero baja Julia para Linux de https://julialang.org/downloads/index.html
Descomprime en cualquier lugar, pero para que se facil, descomprime en tu user.
A mi me gusta usar unp para eso

cd ~
unp julia-0.6.3-linux-x86_64.tar.gz 

Esto crea una carpet julia-XXXXXX. Dentro de ella hay una carpeta bin. 
Despues sigue las instrucciones de este video, que básicamente dicen que tienes que agregar

cd julia-d55cadc/bin
pwd

En mi caso, pwd es /home/sergio/julia-d55cadc350/bin. Copiamos el output y lo pegar en /etc/environment. Yo uso nano y agregamos :/home/sergio/julia-d55cadc350/bin en PATH

 sudo nano -c /etc/environment


Y ahora exporta la variable:

 export PATH=$PATH:/home/sergio/julia-d55cadc350/bin

Entonces, si escribimos julia en el terminal, correra julia. Bien. Ahora sale de culia con Ctrl + D.


Instala Atom:

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/atom
sudo apt install atom

Luego, abre julia y copia:

Pkg.update()
Pkg.add("Atom")
using Atom

Despues que termine de instalar todo lo necesario, cierra y vamos a Atom. 
Ahi vas a "Edit > Preferences > packages". Ahi instala

  • language-julia
  • ink
  • julia-client

Cierra todo y abre de nuevo Atom. Ahi tendras la pestaña de Julia y puedes agregar el espacio para plots, workspace y la terminal. La raja.

sábado, 21 de abril de 2018

WRF open_aux_u : error opening auxinput5_d02_2013-12-31_00:00:00 for reading. 100

So, i got this error:
open_aux_u

Timing for Writing /scr4/sibarra/masp/health/wrfo for domain        2:    4.14512 elapsed seconds
open_aux_u : error opening auxinput5_d02_2013-12-31_00:00:00 for reading. 100


pretty weird because it a met run. According to http://forum.wrfforum.com/viewtopic.php?f=47&t=10003, they recommend diminishing the number of processors.

I ran with 32 and got stuck
I ran with 16 and appear this error open_aux_u : error opening auxinput5_d02_2013-12-31_00:00:00 for reading. 100
I'm running with  8 and still running. 

viernes, 20 de abril de 2018

ERROR: Grib2 file or date problem, stopping in edition_num. Can't ungrib.exe SOLVED

Well, it seems that this problem can be very common.

Usually, you have a directory for downloading the meteorology from NCEP/UCAR. Probably, you will have the script for downloading the data in the same directory.

If you link the grib files based on the name there won't be any problems

./link_grib.csh /path/GFS*
However, it could be possible to link the whole directory. You might do this when you have a whole year of meteorological data.
./link_grib.csh /path/
If you have scripts for downloading the met data in the same directory, THEN you will have the message:
ERROR: Grib2 file or date problem, stopping in edition_num


To avoid this error, just move the script for downloading the met data elsewhere and link the directory again. Finally, do ungrib.exe

miércoles, 18 de abril de 2018

Como compilar CALWRF con diferentes compiladores y versiones de WRF

mi compañero de la Universidad Mario Gavidia, publico en su blog como compilar CALWRF con ifort y correr el programa con datos de salida de WRF o WRF-Chem:

Basicamente tienes que cambiar el compilador en compile.sh y cambiar algunas lineas de calwrf.f

El link es aqui: https://randroll.wordpress.com/2018/04/18/installing-calwrf-on-linux-with-ifort/