martes, 25 de febrero de 2014

R, ggplot2: graficar Intervalos de confianza

Es normal querer graficar intervalos de confianza en las ciencias, y siempre se anda preguntando como hacerlo, sobre todo en R. Pues bien, acá va un tutorial de como hacerlo. Yo lo tengo a partir de las mismas regresiones, pero sa supone puede hacer hacer de cualquier modo. Lo que se necesita es:

Límite inferior del intervalo (Yo lo nombre Yi)
yi
Límite superior del intervalo (Yo lo nombre Yf que viene de final)
yf
y punto central
y
Luego necesitamos el valor de X
x
Por último, necesitamos que todas estas variables estén en una dataframe con columnas y, yi, yf, x , que indican los nombres de las variables de los intervalos de confianza de alguna regresión o datos de error.

El dataframe se vería algo así:




Luego se puede graficar los intervalos de confianza con ggplot2:

Y el gráfico asi



martes, 5 de noviembre de 2013

Ubuntu: Como cambiar de Nautilus a Thunar

Me demoré mas de lo habitual, por eso comparto este post de Ubuntu Geek para olvidarse del lento de Nautilus y pasar a algo mas ligero, como thunar.

Primero, instala thunar... para ello vaya simplemente al Ubuntu Sofware Center y escriba thunar


Después viene la parte de dejar thunar por defecto. Busqué en varias partes, pero lo más efectivo fue:


Después busca


Quedando en mi caso asi


Después logoff, login, se demora un poco y ya está

jueves, 10 de octubre de 2013

#GRASS: Lo básico, importar shapefiles 200 Mb y hacer intersección, Visualizar con Qgis

DATO: Al empezar grass pide definir directorio, que yo llamo SIG y localización, que es una subcarpeta con los datos grass de ese proyecto. Es mejor llamar a esa subcarpeta con iniciales como SP y agregar la proyección, como WGS84LatLon, quedando SPWGS84LatLon .... para evitar posibles errores tontos que hacen perder mucho tiempo.
Mis primeros comandos con grass


Tenía que cargar un shapefile de 200 Mb en qgis y tardaba demasiado. Entonces pregunté en Gis.Stackexchange y me recomendaron usar grass. :)

Las dos primeras líneas del código importan un vector que están en shapefile y lo guardan en formato de grass como roads. Lo mismo con LandUse.
Despues la intersección, que recoge los mapas de grass, y con el operador 'and' realiza la intersección.

Aun no puedo mostrar el mapa en grass, no se por que, pero sí lo hice cargando los mapas de grass en QGIS


martes, 17 de septiembre de 2013

GIS.StackExchange: Identificar el mayor polígono dentro de cada celda de una grilla

POSTED ON GIS.StackExchange:
I have a 9x9 grid and a polygon of municipalities of an extensive area of Brazil. My goal is to have a field indicating the biggest municipality per grid cell.
I've been trying with intercept without good results. I know there are similar questions but i cant figure it out how to handle it in QGIS.
Here is a screenshot of what i'm talking about:
ANSWER by Micha:


Resulted in:
Which is the id of the municipality with the largest intersection within each grid cell. Continue...

I've also been trying with Kosmo, according to Juán José del Toro

1.- Create the grid 10x10 km and concatenate Row and Column into a key field

I thid the concatenation with the "calculadora option"



And picture

martes, 10 de septiembre de 2013

Criar clusters em R

Venho fazendo análise de dados con clusters em R e estes são os meus códigos y dataset.

Aqui estou identificando o número de clusters

8

Então códigos gráficos jerárquiso são:


E o gráfico é, e eu posso ver, especificamente, como meus dados são classificados

miércoles, 4 de septiembre de 2013

Seleccionar atributos de un campo y agregarlos a otro campo QGIS Field Calculator

En un vector Polyline en QGIS tengo un campo que se llama TYPE y 'secondary' y 'secondary_link' y otro campo con la longitud de cada arco, entonces me gustaría crear un campo llamado SECONDARY con la longitud LONG de cada arco del campo TYPE para los casos  'secondary' y 'secondary_link'. En QGIS el código es

y la figura es
POSTERIORMENTE  SE RECOMIENDA BORRAR LOS CAMPOS QUE MANTENGAN VALORES NULL, O REEMPLAZAR NULL POR 0

martes, 3 de septiembre de 2013

Creación de grillas de polígono con QGIS / Polygon Grid creation with QGIS

Me pidieron un trabajo en la USP que es generar grillas que sirvan para despues hacer inventarios de emisiones y modelaciones. Estuve buscando y lo hice en QGIS

Me dieron dos puntos, el izquierdo inferior y el derecho superior para crear una grilla con 129 celdas horizontales y 69 verticales. Datos

                        inicial       final
west_east    : -45.02942  -41.26178  -> 129 pontos
south_north  : -23.57699  -21.69774  -> 69  pontos

Luego, en esta página los convertí a UTM WGS 84 23 S acá, y además creé un punto con estas coordenadas geográficas en QGIS y el pluggin MMQGIS, cuargando las coordenadas desde Libre Office a Excel guardadas como .csv:




Despues con MMQGIS importe el punto


Y creé el vector de punto con las coordenadas dadas.

Posteriormente guardé el archivo con el nombre de pUTM.shp con la proyección UTM WGS84 23S, y con este nuevo punto creé el punto para crear la grilla con MMQGIS. Para crear las coordenadas X e Y en la tabla de atributos edite la tabla y actualicé el campo x e y como $x y $y, y automáticamente escribe las coordenadas:



Una vez con el punto en coordenadas UTM, creé la grilla con MMQGIS:


Con las coordenadas x e y. H  V son las dimensiones de cada celda. Width y Height es la altura de la grilla> 129*1000 y 69 * 1000

Y así obtuve la grilla:







miércoles, 28 de agosto de 2013

Como tener en última versión de R en Ubuntu

EDIT: Al hacer el siguiente procedimiento, no quedan declaradas las variables de ambiente de R, asi que en mi caso volví a tener la versión R 2.15.

Es un procedimiento relativamente simple, pero como hace tiempo que no lo hacía, esta vez me costó un poco mas de tiempo hacerlo.

Si escribimos

sudo apt-get install r-base

en la terminal de Ubuntu, obtendremos la versión 2.15 de R, pero la versión actual es 3.0.1 fue lanzada el 16 de Mayo! Entonces, ahora viene la pregunta, como mantener actualizado R en Ubuntu. Lo que hay que hacer es agregar una fuente para mantener actualizado R.

sudo gedit /etc/apt/sources.list 

Con esto abriremos lista de fuentes para actualizar nuestro sistema operativo. 

Luego, la página de R indica que hay que agregar:




my.favorite.cran.mirror es la dirección mas cercana geográficamente de nosotros para acceder a R.

Buscando en http://cran.r-project.org/mirrors.html es posible la lista de mirros para R, y ahora, en mi caso es http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/ que corresponde al Laboratorio de Epidemiología e Bioestadística de la Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia de la USP. En fin.


Lo que aparece despues del link es la versión de Ubuntu:



En mi caso es Ubuntu 13.04 (Raring Ringtail)  por lo que tenemos que agregar en el archivo gedit





 
 
 Tambien hay que agregar las KEYS, para eso en la terminal escribimos:



Y eso es todo.
 
 
EDIT: Al final volví igual a R 2.15 por que al hacer todo no están declaradas las variables R_HOME y hay que escribir todo eso, incluyendo los archivos ocultos..... asi que mejor R 2.15 a esperar a que RCRAN solucione eso.

Tópicos em Química Atmosférica - Lista 2

Tarea 2 de Tópicos em Química Atmosférica. Hay que calcular las concentraciones de gases a diferentes alturas.








Y ahora graficando con multiplot


                              

jueves, 22 de agosto de 2013

Leer Esri Shapefiles de lineas en R. Código ahora con Gist de Github

Estuve buscando la forma de mejorar los códigos de R que subo al blog y encontré la forma, con Gist de Github. Este es el resultado




Lueg, repetí lo mismo pero con los datos de las calles del Estado de São Paulo:

Y el gráfico es:


 Estuve intentando graficar con RGADL según este procedimiento de Hadley, pero no he tenido resultados alentadores, ya que se demoraba demasiado en terminar la tarea R.

Tópicos em Química Atmosférica - USP


AGM5823– Tópicos em Química Atmosférica - Docente: Adalgiza Fornaro
Lista de Exercícios (agosto 2013)
Estudiante: Sergio A. I. Espinosa
1) Em uma campanha do outono de 2008 realizada no IAG/USP com a utilização de ozoniossondas acopladas a um GPS foi possível obter dados relativos ao perfil da atmosfera local. A ozoniossonda fornece dados de pressão parcial de ozônio, além de possuir sensores meteorológicos que geram medidas de pressão, temperatura e umidade em tempo real.
  1. Calcule a pressão em hPa para os níveis de altitude Z(1) = 1Km e Z(2) = 25Km utilizando a equação hipsométrica. Para os cálculos considere H (escala de altura) constante e igual a 8,0Km; e p(Z=0) = 1013,0mb.
  2. Considere 2 (dois) pontos da série temporal obtida pela ozoniossonda:
(I): p = 24,17mb; T = -53ºC; P(O3) = 136 nb.
(II): p= 618mb; T = 0ºC; P(O3) = 24 nb.
Calcule a razão de mistura em ppb e a concentração massa.volume-1 para os dois pontos.

2) A partir dos dados da ozoniossonda relativos ao dia 16 de maio de 2008 (arquivo excel, fornecido por email). Faça os gráficos de:
  • p (pressão) x Z(altura),
  • T (temperatura) x Z (altura) e
  • O3 (densidade de número, pressão parcial e densidade de número) x Z (altura).
Para o perfil vertical de ozônio compare e discuta possíveis semelhanças ou diferenças entre (razão de mistura) com pressão parcial e densidade de número. Lembre-se da classificação da atmosfera em função do perfil de temperatura com a altitude. Indique as regiões (classificação por temperatura) representadas pelos perfis de temperatura nesta sondagem.

3) Calcule para esta sondagem o coluna total de ozônio (em UD), faça um breve resumo das discussões apresentadas no artigo anexo sobre a Figura 5.

Artigo:
Andrade M.F., Fornaro A, Freitas E.D., Mazzoli CR, Martins LD, Boian C, Oliveira MGL, Peres J, Carbone S, Alvalá P, Leme NP., Ozone sounding in the Metropolitan Area of São Paulo, Brazil:Wet and dry season campaigns of 2006,
Atmospheric Environment 61 (2012) 627-640

1 )

2)


3)






viernes, 16 de agosto de 2013

Mi vida sin Windows

Hace bastante tiempo quiero dejar de utilizar +Windows 8. Lo que siempre me ha había detenido era +Microsoft Office Project . Pero por fín he encontrado la forma:

  • SO: +Ubuntu 
  • Suite Ofimática: 
  1. +Google docs 
  2. Libre Office
  • Fotos: Shotwell
  • GIS:
    1. +GRASS GIS 
    2. +QGIS +QGISBrasil 

Por ahora eso es lo mas importante. Tendré que acostumbrarme a utilizar las herramientas mas específicas, como GIS pero lo haré :)

miércoles, 14 de agosto de 2013

Google Drive: Scatter Charts on Spreedsheets

Mi intención es dejar de usar Windows pero MS Office me retiene. Por lo que ahora estoy usando Google Docs y probando mas funciones de Spreedsheets.

Para una tarea del doctorado me pidieron graficar la densidad de número del  ozono a partir de Ozonosonda del IAG-USP. Lo que hice subir el archivo Excel de los datos del Ozonosonda y graficar:




Insert
 Selecciono los datos


 Y luego, en este caso, aplico el gráfico Scatter



Despues se va a Customize para agregar títulos y legendas y se termina el gráfico.

Para publicarlo hay dos opciones:

Como imagen:


O como gráfico interactivo Acá no muestro como calcular la densidad de número del O3.

lunes, 27 de mayo de 2013

#Rstats #Raster #maptools #Calpuff Convertir shapefile puntosa raster. Salidas de salidas de Calpuff MP10

Convertí las salidas .DAT de Calpuff en un vector de puntos con Arcgis. La fuente es  esta. Luego cargué el shapefile en R, luego lo convertí a raster, y rasterizé con varias configuraciones de filas y columnas, con promedios.


#Rstats #ggplot2 #geom_raster() #Calpuff Plotear salidas de Calpuff en R

He estado trabajando para plotear las salidas de concentraciones 24h promedio de Calpuff en R y después de harto trabajo he llegado a muy pocas líneas de programación:





Cargaré el archivo de salida de Calpuff, promedio de 24 h:

Como se ve, tiene un header de 4 líneas innecesarias hasta llegar a la información que tiene el nombre de las variables, por lo que es necesario cargar el archivo, eliminando esas 4 líneas, automáticamente se eliminará la línea 6 que no tiene información, y despues es necesario llenar los vacíos de los nombres de las variables: